El programa Treadstone parece que ya es cosa del pasado, y la presencia de Jason Bourne se ha difuminado. Los Estados Unidos tiene más secretos escondidos que parece que van a causar muchos problemas a las altas esferas. Uno de estos secretos bien guardados es Outcome, otro programa de inteligencia, pero que en este caso no está vinculado con la CIA, sino que encuentra su vínculo en el Departamento de Defensa. Su objetivo es distinto al que podríamos imaginar, dado que no tienen la misión de llevar a cabo asesinatos como ocurrió con Treadstone. En realidad, el objetivo que tienen los agentes entrenados por Outcome es llevar a cabo misiones en solitario que ponen a prueba su resistencia y entrenamiento. Que se conozca el origen de Jason Bourne provoca que otros programas de inteligencia, como Outcome, se encuentren con problemas. Aaron Cross, el protagonista, es un miembro de la operación Outcome, donde se tiene la misión de mejorar las capacidades físicas y mentales de sus operativos de campo mediante una serie de píldoras. Su aventura no tardará en encontrarse con serios problemas.

¡¡AVISO!!

A continuación se incluye el resumen del final de esta película. Si no quieres leerlo no sigas bajando.

Tras conseguir escapar de la fábrica que produce las píldoras y sufrir alucinaciones durante la noche sobre su iniciación en Outcome bajo la supervisión de Byer, Cross se encuentra con que la policía le está rodeando. El aviso de Shearing permite que Cross pueda escapar, devolviéndole él el favor rescatándola de la policía. Roban una moto y son perseguidos tanto por la policía como por el Larx-03. Después de una persecución a través de Manila, la policía les pierde y también logran evadirse de su perseguidor. Son rescatados por un barquero filipino al que pagan con el reloj de oro que robó Cross y este les lleva lejos de allí a sitio seguro.